Cấu trúc của BeF2 rắn tương tự như cristobalite. Các trung tâm Be2+ là bốn tọa độ và tứ diện và các trung tâm fluoride là hai tọa độ. Độ dài liên kết Be-F khoảng 1,54. Tương tự SiO2, BeF2 cũng có thể áp dụng một số cấu trúc liên quan. Một sự tương tự cũng tồn tại giữa BeF2 và AlF3: cả hai đều áp dụng các cấu trúc mở rộng ở nhiệt độ nhẹ.

BeF2 dạng khí và lỏng

Beryli fluoride dạng khí thông qua cấu trúc tuyến tính, với khoảng cách Be–F là 143 pm. BeF2 đạt áp suất hơi 10 Pa ở 686 ℃, 100 Pa ở 767 ℃, 1 kPa ở 869 ℃, 10 kPa ở 999 °C và 100 kPa ở 1172 ℃.

Phân tử của beryli fluoride lỏng có cấu trúc tứ diện dao động. Ngoài ra, mật độ của chất lỏng BeF2 giảm xuống gần điểm đóng băng của nó, vì các ion Be2+ và F− bắt đầu phối hợp mạnh hơn với nhau, dẫn đến sự giãn nở của các khoảng trống giữa các đơn vị công thức.